銳觀察 | 基因數(shù)據(jù)解讀困局:“識(shí)字”還需“中間人”


來(lái)源:中國(guó)產(chǎn)業(yè)經(jīng)濟(jì)信息網(wǎng)   時(shí)間:2018-04-26





  “面對(duì)基因測(cè)序報(bào)告,我常有一種對(duì)技術(shù)的無(wú)奈感和對(duì)提升公眾基因測(cè)序認(rèn)知的期望。”北京協(xié)和醫(yī)院婦產(chǎn)科教授蔣宇林說(shuō)。


  作為生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的前沿科技,基因檢測(cè)應(yīng)用正成為諸多醫(yī)療機(jī)構(gòu)科研甚至臨床實(shí)力的體現(xiàn)。外加市場(chǎng)需求攀升,幾乎每家基因檢測(cè)企業(yè),都在向醫(yī)療機(jī)構(gòu)兜售基因測(cè)序的“解決方案”,一時(shí)間“術(shù)”、“道”混雜,不免讓人眼花繚亂。哪些才是醫(yī)院最根本的訴求?或許只有臨床醫(yī)生才知道答案。


  談到臨床需求,蔣宇林用一個(gè)“幸運(yùn)”的例子解釋一個(gè)“不幸”的現(xiàn)實(shí)。


  曾有一位女性患者前后懷孕三次,胎兒皆因水腫而流產(chǎn)。對(duì)該患者及其丈夫進(jìn)行全外顯子測(cè)序的報(bào)告顯示,兩人在同一基因上都存在突變。當(dāng)兩個(gè)突變基因同時(shí)遺傳至下一代,便會(huì)出現(xiàn)胎兒淋巴水腫的現(xiàn)象。“這只是一個(gè)參考性的答案。這種突變單獨(dú)出現(xiàn)會(huì)引起什么?是否有其他正?;蚬餐饔靡鹚[?我們還無(wú)從知曉。”蔣宇林表示,即使是這種能給出測(cè)序參考性答案的病例,在臨床上的占比也只有30%。


  蔣宇林的話恰道出了當(dāng)前基因測(cè)序的一個(gè)困境:盡管技術(shù)已非常成熟,且有安全保障,臨床解讀的基因測(cè)序報(bào)告卻不盡如意。


  基因解讀窘境:“有字,不識(shí)”


  “現(xiàn)在的基因測(cè)序技術(shù)走在了臨床認(rèn)證的前面。”空軍軍醫(yī)大學(xué)西京醫(yī)院婦產(chǎn)科教授張建芳用一句話,闡述基因測(cè)序在醫(yī)學(xué)臨床應(yīng)用中的現(xiàn)狀。


  與張建芳感受相同的北京大學(xué)人民醫(yī)院醫(yī)務(wù)處副處長(zhǎng)張曉紅,她在2010年就開始關(guān)注基因測(cè)序領(lǐng)域。當(dāng)時(shí),基因測(cè)序技術(shù)還興起不久,“不到七年的時(shí)間,NIPT在國(guó)內(nèi)已經(jīng)遍地開花。”


  伴隨基因檢測(cè)技術(shù)的日趨成熟,各類檢測(cè)服務(wù)商在產(chǎn)品的安全性和檢測(cè)數(shù)據(jù)準(zhǔn)確性上的差距也在日漸縮小,“從測(cè)序水平和技術(shù)水平方面考慮,測(cè)序不再是難事,安全性也不是問(wèn)題。”張建芳說(shuō),隨著高通量測(cè)序設(shè)備的廣泛應(yīng)用,基因數(shù)據(jù)量呈現(xiàn)倍增現(xiàn)象,這使得基因測(cè)序的工作重心自然從人工測(cè)序轉(zhuǎn)到了數(shù)據(jù)分析上,“面對(duì)測(cè)序報(bào)告,只有提高認(rèn)識(shí),才能找到對(duì)基因測(cè)序有價(jià)值的結(jié)果。”


  由此,技術(shù)水平大步邁前的基因測(cè)序,在臨床解讀報(bào)告上遭遇“滑鐵盧”。


  行業(yè)人士都知道,從二代測(cè)序儀運(yùn)行下來(lái)得到的原始數(shù)據(jù),并不能提供關(guān)于疾病的信息,還需要后期經(jīng)過(guò)基因組的比對(duì)以及數(shù)據(jù)的過(guò)濾篩選等多個(gè)步驟才能得到基因組上的變異信息,進(jìn)而為疾病的診斷和治療提供參考。而基因數(shù)據(jù)的分析和解讀結(jié)果,直接關(guān)系到基因測(cè)序的臨床應(yīng)用成效。


  從基因檢測(cè)的產(chǎn)品來(lái)看,雖然當(dāng)前的報(bào)告解讀基本上已經(jīng)可以實(shí)現(xiàn)對(duì)染色體層面(主要是缺失和重復(fù))和單基因?qū)用?單堿基突變,小片段插入/缺失)等的準(zhǔn)確檢測(cè),同時(shí)依托廣泛的數(shù)據(jù)庫(kù)(OMIM、ClinVar等)和評(píng)價(jià)標(biāo)準(zhǔn)(包括ACMG等制定的突變分類評(píng)價(jià)規(guī)范)對(duì)相關(guān)突變進(jìn)行分類及案例關(guān)聯(lián),但這只能滿足部分臨床需求。


  “目前的基因測(cè)序并不能完全滿足臨床需要,很大程度上是因?yàn)榕R床還不能把測(cè)序的價(jià)值完全發(fā)揮出來(lái),醫(yī)生普遍‘不識(shí)字’。”蔣宇林說(shuō)。他舉例說(shuō)明,在進(jìn)行全面測(cè)序后,某些行為異常的兒童所有的信息密碼會(huì)以一本書的形式放在醫(yī)生面前,但是醫(yī)生只能讀懂其中20%到30%的內(nèi)容。“這也是我們找不到胎兒因水腫而流產(chǎn)的原因所在。”蔣宇林指出,目前部分基因測(cè)序技術(shù)確實(shí)應(yīng)該更精準(zhǔn)、更明確,但最重要的問(wèn)題是醫(yī)生還不能夠100%地將基因和臨床疾病聯(lián)系起來(lái)。


  基因解讀之難:五大因素制約


  按理說(shuō),技術(shù)上達(dá)到并超出臨床認(rèn)證標(biāo)準(zhǔn),基因測(cè)序應(yīng)該大放異彩。但緣何一碰到測(cè)序報(bào)告解讀,就如同困獸之境,難以獲得實(shí)際性突破?


  蔣宇林認(rèn)為,當(dāng)前基因測(cè)序報(bào)告的難點(diǎn)是多因素共同作用的結(jié)果,主要有以下五點(diǎn):


  第一,遺傳病數(shù)據(jù)少。遺傳本身處在人類認(rèn)知的邊緣,比如發(fā)現(xiàn)了一個(gè)突變病例,如果在全世界目前可查詢的所有數(shù)據(jù)庫(kù)中均找不到相近的病例,就無(wú)法確診,或者即使找到一例或兩例相近的病例,也只能輔助臨床診斷,可用性還需要進(jìn)一步驗(yàn)證。“很多東西在未知和已知之間游走,不能形成具有臨床價(jià)值的‘絕對(duì)’。”


  第二,醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)教育有缺失。我國(guó)醫(yī)學(xué)教育階段只設(shè)置了理論部分的課程,與實(shí)際臨床“有距離”。如果想接觸臨床遺傳知識(shí),只能通過(guò)在工作中不斷參加講座、會(huì)議,并且學(xué)習(xí)新發(fā)表的論文等渠道獲取,“遺傳病診斷是一件需要緊跟前沿醫(yī)學(xué)進(jìn)展才能做好的事情。”蔣宇林說(shuō)。


  第三,需要醫(yī)生博學(xué)。遺傳病患者可能罹患多種疾病,比如耳聾、近視、神經(jīng)系統(tǒng)發(fā)育問(wèn)題、骨骼發(fā)育問(wèn)題和皮膚病等。即使是會(huì)診,醫(yī)生也要有能力去識(shí)別和診斷。蔣宇林認(rèn)為,這對(duì)醫(yī)生便有了博學(xué)的要求,需要其具備處理多系統(tǒng)疾病的能力。


  第四,遺傳與倫理的交織。蔣宇林介紹,曾經(jīng)有生殖科的醫(yī)生向他訴苦,說(shuō)壓力太大了,患者做植入前診斷時(shí),常會(huì)希望醫(yī)生能保證其生出一個(gè)健康的孩子。“但這沒(méi)有醫(yī)生能完全把控,所以我的診室會(huì)比別的房間多一包紙巾,永遠(yuǎn)是這樣的。”蔣宇林說(shuō),遺傳問(wèn)題對(duì)家長(zhǎng)而言是一種心理上的“折磨”。


  第五,患者認(rèn)知不到位。比如遺傳醫(yī)生出診時(shí),會(huì)制定方案來(lái)輔助診斷和治療,但是很多患者不理解,而醫(yī)生往往又沒(méi)有太多時(shí)間解釋,卻又不能無(wú)視。


  破解之道:臨床需求亟待多方關(guān)注


  作為當(dāng)前疑難雜癥的關(guān)鍵突破口,基因測(cè)序可以說(shuō)是醫(yī)療機(jī)構(gòu)的首選。但如果其最終不能進(jìn)入到臨床解讀階段,就意味著基因測(cè)序在臨床應(yīng)用上的價(jià)值值得商榷。


  “這需要全社會(huì)共同關(guān)注。”蔣宇林認(rèn)為,醫(yī)務(wù)人員、基礎(chǔ)研究者、技術(shù)開發(fā)者、企業(yè)和政府都應(yīng)出力。


  首先需要加強(qiáng)醫(yī)生培訓(xùn)。在內(nèi)部加強(qiáng)遺傳知識(shí)和技能實(shí)踐的培訓(xùn),最好能從醫(yī)學(xué)院開始設(shè)立遺傳咨詢專業(yè),醫(yī)學(xué)生畢業(yè)后還會(huì)配備繼續(xù)教育來(lái)支撐。“學(xué)科的發(fā)展離不開人才,而教育是最好的途徑。”蔣宇林說(shuō)。


  其次需要加大社會(huì)宣教。蔣宇林認(rèn)為,社會(huì)上發(fā)起的關(guān)愛(ài)漸凍人的“冰桶挑戰(zhàn)”和每年舉辦的唐氏綜合征日活動(dòng)等,都能推動(dòng)公眾對(duì)罕見(jiàn)病的認(rèn)知。


  最后需要形成一種“中間人”的職業(yè)來(lái)專門解讀遺傳數(shù)據(jù),這其中既包括相關(guān)遺傳咨詢?nèi)瞬牛舶M(jìn)行報(bào)告智能解讀的IT和醫(yī)學(xué)信息分析人才。蔣宇林解釋,很多臨床醫(yī)生接診時(shí)間有限,幾乎不會(huì)向患者解釋遺傳相關(guān)的問(wèn)題,如果有這樣的一個(gè)“中間人”來(lái)進(jìn)行解讀,便能更好地體現(xiàn)遺傳學(xué)價(jià)值。他還建議,未來(lái)可以面向直轄市、發(fā)達(dá)地區(qū)的縣級(jí)和中西部地區(qū)市級(jí)的產(chǎn)科醫(yī)生或者兒科醫(yī)生開設(shè)類似的課程。


  張建芳推算,如果一家醫(yī)院有一到兩名遺傳學(xué)方面的專家與其他臨床醫(yī)生一起出診,便能夠做到有效解讀。


  充分洞察臨床需求后,一些基因測(cè)序方案提供商開始在基因解讀方面優(yōu)化發(fā)力。僅以貝瑞和康為例,其通過(guò)與臨床醫(yī)生的長(zhǎng)期溝通,已經(jīng)建立了一套比較完整的報(bào)告解讀體系。


  健康界查閱資料發(fā)現(xiàn),貝瑞和康通過(guò)與家輝醫(yī)院和美國(guó)貝勒醫(yī)學(xué)院等國(guó)內(nèi)外權(quán)威遺傳咨詢機(jī)構(gòu)合作,專業(yè)的遺傳咨詢?nèi)藛T已可以對(duì)接到具體的報(bào)告解讀中,為檢測(cè)結(jié)果提供專業(yè)解讀;其智能信息分析團(tuán)隊(duì)相繼開發(fā)出包括VeritaTrekker?變異位點(diǎn)檢測(cè)系統(tǒng)和Enliven?變異位點(diǎn)注釋系統(tǒng)等在內(nèi)的基因數(shù)據(jù)分析核心專利技術(shù),助力海量臨床數(shù)據(jù)的自動(dòng)化精準(zhǔn)分析;通過(guò)借助云計(jì)算的分析優(yōu)勢(shì),其智能信息分析團(tuán)隊(duì)還對(duì)公司多年在基因組學(xué)研究中積累的大量臨床數(shù)據(jù)進(jìn)行深入分析,并于2016年相繼公布了“神州基因組數(shù)據(jù)云”項(xiàng)目階段性成果,填補(bǔ)國(guó)際空白以及中國(guó)人群基因組大數(shù)據(jù)體系。此外,其在乳腺癌檢測(cè)中的臨床應(yīng)用等大數(shù)據(jù)分析挖掘工作也在有序進(jìn)行中。三者結(jié)合反過(guò)來(lái)滿足臨床對(duì)報(bào)告解讀的需求。


  “精準(zhǔn)的遺傳測(cè)序報(bào)告解讀不可能是一蹴而就,而是任重道遠(yuǎn)。”張建芳說(shuō)。


  轉(zhuǎn)自:北國(guó)網(wǎng)

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